Året er 1662, og i Finnmark herjer trolldomsforfølgelsene.
Uværet raser i Makkaur når Marite Eiriksdatter tilkalles for å hjelpe en kvinne som ligger syk. Samtidig besøker hun en eldre mann, som like etterpå dør. Trolldomsmistanker begynner å spire rundt henne.
I et samfunn der sykdom, ulykker og uvær tolkes som djevelens verk, er frykten for trolldom sterk. Falske beskyldninger, angiveri og påstander om trolldom får ofte dødelige følger.
Marite og familien må flykte til Vardø. Dit reiser også ekteparet Anna og Ambrosius Rhodius fra Christiania, forvist til Vardøhus festning av kongen.
Anna er en dedikert heksejeger, og hun går nådeløst til verks i forfølgelsene. Hennes håndbok er «Heksehammeren», en bok som beskriver kvinner som Djevelens disipler, svake og fordervede.
Anklager og antall dødsdømte eskalerer. Marites fortid innhenter henne, og hun er nå i større fare enn noen gang.
Basert på historiske hendelser fra trolldomsprosessene i Finnmark, er Heksehammeren er en roman om frykt, tro og overtro, men også kjærlighet og håp, og om kvinnenes kamp for overlevelse i en brutal tid
